Allt detta ändrades 2260. Då Shadows vaknade några år tidigare från sin tusenåriga sömn på deras hem Z'Ha'dum, och sakta gjorde sin närvaro känd, och deras syften blev klara: Att gallra ut de svaga och försvarslösa bland de yngre raserna för att gynna snabbare utveckling. Dom rörde sig till största delen bakom scenerna, och dom fick flera av de yngre raserna att anfalla varandra, och skapade krig och provocerade fram folkmord. Shadows är personifikationen av frågan, "Vad vill du ha?" Dom söker inte efter militär seger, utan filosofisk dominans, ett universum i vilket de yngre raserna slåss ursinnigt för att nå deras mål utan bry sig om konsekvenserna.

När de andra Första gav sig av av orsaker som dom själva valt, lämnades Vorlons kvar ensamma för att bekämpa Shadows filosofi. Om Shadows representerar kaos, är Vorlons herrar av ordning: dom söker efter samma resultat, de yngre rasernas utveckling, men på deras villkor, vare sig deras "barn" gillar det eller inte. Vorlons föredrar att ställa frågan, "Vem är du?" Detta är en fråga som leder till själviakttagelse och spirituell tillväxt, men inte till expansion eller vetenskaplig utveckling.

Jordalliansens huvudkvarter som ligger i Genève, styrs av President Clark. Clark kom till makten med hjälp från Shadows och Psi Corps, en Shadow dominerad byrå som skapats för att kontrollera de telepatiska talanger manipulerats förstulet in i den mänskliga genpoolen av Vorlons. ISN en flagrant propaganda maskin, kontrollerar flödet av information till medborgarna och de andra världar. Politiska avvikare blir undertryckta av en Orwellian byrå kallad Nattväktarna.

Passage till och från Jordalliansen har blivit svår på grund av det strikta undantagstillståndet, skenbart för att skydda människorna från utomjordiska influenser som kan starta ett nytt förödande krig. Än så länge har Jorden hållit sig undan från Shadow kriget; Clarks extrema främlingshat har inte lett honom till att slå till mot de andra raserna. Rykten om en motståndsrörelse envisas, men än så länge är dessa ingenting annat än rykten.

Fram tills nyligen var Babylon 5 en utpost som styrdes av JA, byggt med hjälp från ett par utomjordiska regeringar. Kommendör Sheridan förklarad B5 som självständigt i mitten av 2260 i opposition mot Clarks diktatur. Genom att fortsätta använda dess funktion som en fjärran belägen utpost som används av en mängd olika raser, B5 har lyckats med att bibehålla sin självstyre från Jorden, men på grund av detta fått de flesta av B5s besättning att känna sig isolerade från deras familjer där hemma. Och med kriget mot Shadows ute i det öppna, har stationen tjänat som en operationsbas, en samlingspunkt för de som kämpade mot Shadows: den Vorlon inspirerade Ljusets Armé.

Rangers är kärnan i Ljusets Armé. Uppbyggd av i huvudsak Människor och Minbari, Rangers skapades för att samla in information och utföra hemliga uppdrag för att undergräva Shadows arbete. Ljusets Armé som helhet är komponerad av Narn, Minbari, och och en blandning av mindre raser, där alla som känner att Shadows måste bli bekämpas till varje pris. Genom inblandning väljer dom att kämpa på Vorlons sida.

Ett tusen år tidigare, stred Minbari mot Shadows sida vid sida med Vorlons, och startade att lita på Vorlons. Minbaris samhälle är uppdelat i tre kast: Krigare, Religiös, och Arbetare. Efter en spricka nyligen bland deras politiska ledarskap, har det Minbariska samhället hamnat i ett dödläge. De Religiösa och Arbetarna har gett sitt stöd till Ljusets Armé, men Krigarkasten, arroganta och isolationister, ogillar den sortens inblandning med underlägsna raser.

BEndast ett fåtal kände till att Minbar och Jorden har en förenad historia: en människa Sinclair, den första befälhavaren på B5, reste tillbaka i tiden till det föregående kriget mot Shadows och levererade en ny operationsbas, Babylon 4, till Minbari. Sinclair blev en stor spirituell ledare, grundaren av det Minbariska samhället och en profet tack vare hans kunskap om framtida händelser.

Sinclairs resa öppnade en dörröppning mellan Minbari och människan, och sedan det senaste kriget ett tusen år sedan, har Minbariska själar sakta börjat att reinkarnera i människors kroppar. När den Religiösa kasten upptäckte detta, stoppade dom kriget mot Jorden, ett beslut som Krigarkasten fortfarande ogillar.

Babylon 5s ursprungliga uppdrag för fred kan ha misslyckats, men har blivit någonting större: en chans till seger. Alliansen som formats mot Shadows är färsk, och spelarna är inte redo att vinna kriget ännu. Under tiden har Jordens Regering som det verkar sin egen agenda, och dom kommer troligen inte bli till någon hjälp i striden mot mörkret